Viện Công nghệ Sinh học và Ứng dụng Vi sinh Miền Nam (SIAMB) nghiên cứu các vấn đề khoa học và công nghệ thuộc các lĩnh vực công nghệ sinh học và ứng dụng vi sinh vật trong sản xuất nông nghiệp, thực phẩm, môi trường và các lĩnh vực khác của đời sống...
Triển khai, ứng dụng và chuyển giao các kết quả nghiên cứu khoa học và công nghệ mới; tổ chức sản xuất, kinh doanh, tư vấn, dịch vụ về công nghệ sinh học, môi trường và các lĩnh vực liên quan vào thực tiễn sản xuất và đời sống, góp phần xây dựng, phát triển ngành công nghệ sinh học và ứng dụng vi sinh. Đào tạo nguồn nhân lực khoa học, công nghệ có trình độ cao về công nghệ sinh học và ứng dụng vi sinh. Tư vấn, bồi dưỡng và nâng cao trình độ cán bộ trong lĩnh vực công nghệ sinh học, ứng dụng vi sinh. Hợp tác quốc tế trong nghiên cứu khoa học và phát triển ứng dụng các sản phẩm về công nghệ sinh học, môi trường và các lĩnh vực liên quan.
Phát triển, liên kết sản xuất và thương mại sản phẩm là kết quả nghiên cứu trong lĩnh vực công nghệ sinh học và ứng dụng vi sinh.
Cử cán bộ đi công tác nước ngoài và mời chuyên gia nước ngoài đến làm việc tại Viện. Xây dựng cơ sở hạ tầng, cơ sở vật chất cho nghiên cứu khoa học, công nghệ, triển khai, ứng dụng, sản xuất và chuyển giao công nghệ.
Thực hiện xã hội hóa các hoạt động nghiên cứu, ứng dụng, sản xuất và chuyển giao phát triển khoa học về công nghệ sinh học và ứng dụng vi sinh.
Thực hiện các nhiệm vụ khác do Trung ương Hội, Liên hiệp Khoa học Kinh tế - Kỹ thuật - Công nghệ giao.
Nghiên cứu triển khai, ứng dụng, sản xuất và kinh doanh các sản phẩm từ nghiên cứu khoa học công nghệ về các lĩnh vực công nghệ sinh học và ứng dụng vi sinh và các lĩnh vực cụ thể như: Lĩnh vực khoa học kỹ thuật và công nghệ; Lĩnh vực khoa học nông nghiệp; Lĩnh vực công nghệ môi trường; Dịch vụ khoa học và công nghệ; Tổ chức các khóa đào tạo; Tổ chức, hợp tác, liên kết giáo dục và đào tạo với các cơ sở đào tạo trong nước và nước ngoài.